Contexte

Face à l’érosion accélérée de la biodiversité, les herbiers, véritables archives de la nature constituées depuis plus de 350 ans, offrent un réservoir de données irremplaçables. Conservées dans plus de 90 institutions françaises, ces collections sont fédérées par l’infrastructure de recherche Récolnat.

Récolnat agrège, produit et met à disposition une base de données de plus de 8 millions d’images de spécimens d’herbiers, issus de campagnes de numérisation à l’échelle nationale. Son objectif : favoriser leur accès dans une démarche de science ouverte et de leur valorisation par la recherche scientifique.

Le programme Les Herbonautes s’inscrit dans cette dynamique : en proposant à un large public de participer à la transcription des informations présentes sur les étiquettes, il contribue à l’enrichissement et à l’accessibilité des données des collections botaniques françaises.

Chaque participant progresse à son rythme, suivant un protocole didactique basé sur la montée en compétence, la validation croisée des données et la mutualisation de l’expertise. Les missions sont construites autour d’objectifs de recherche précis.

Exemple : La mission Le nom de la Rose invite à renseigner les données (provenance, récolteur, couleur des fleurs, etc.) de plus de 1 200 spécimens de Rosa gallica. L’objectif : comprendre l’origine et les liens entre les populations sauvages et cultivées, grâce à une étude génétique de feuilles collectées sur 150 populations en Europe.

Modalités de participation

L’inscription se fait via la création d’un compte utilisateur.

Les participants – appelés « Herbonautes » – contribuent à des missions regroupant de 1 000 à 6 000 spécimens, organisées autour d’une thématique.

Les premières étapes concernent des données simples (pays, région, département), puis des modules de formation ludiques (quizz) permettent de se former à des champs plus complexes (date, géolocalisation, noms des récolteurs, etc.).

Un système de vérification en double aveugle assure la qualité et la fiabilité des données : chaque image est vérifiée par plusieurs contributeurs, ce qui permet de corriger d’éventuelles erreurs.

Résultats

Depuis son lancement en 2013, le programme a permis la transcription de plus de 660 000 spécimens, grâce à 8,4 millions de contributions apportées par un collectif de citoyens et citoyennes.

En janvier 2024, la deuxième journée des Herbonautes a célébré les 10 ans du programme. L’événement a réuni l’équipe projet, les contributeurs et les chercheurs autour de retours d’expérience, de visites de collections et de présentations de résultats scientifiques issus des missions.

Voir les statistiques détaillées du programme : lien

Références

Les données issues des missions des Herbonautes sont valorisées dans des publications scientifiques, ouvrages, flores régionales, supports numériques (bases de données nationales et internationales, site web, etc.), ou encore dans des articles de médiation scientifique.

Kessel, A.-L.; Sahri, S.; Groppe, S.; Groppe, J.; Khorashadizadeh, H.; Pignal, M.; Perez Pimparé, E.; Vignes-Lebbe, R. Impact of Chatbots on User Experience and Data Quality on Citizen Science Platforms. Computers 2025, 14, 21. https://doi.org/10.3390/computers14010021

Anton Güntsch, Jörg Overmann, Barbara Ebert, Aletta Bonn, Yvan Le Bras, Thore Engel, Knut Anders Hovstad, Dora Ann Lange Canhos, Peggy Newman, Elaine van Ommen Kloeke, Sophia Ratcliffe, Marianne le Roux, Vincent S Smith, Dagmar Triebel, David Fichtmueller, Katja Luther, National biodiversity data infrastructures: ten essential functions for science, policy, and practice, BioScience, 2024;, biae109. https://doi.org/10.1093/biosci/biae109

STREIFF S. J. R., RAVOMANANA E. O., RAKOTOARINIVO M., PIGNAL M., PEREZ PIMPARÉ E., ERKENS R. H. J. & COUVREUR T. L. P. 2024. — High-quality herbarium-label transcription by citizen scientists improves taxonomic and spatial representation of the tropical plant family Annonaceae. Adansonia 46 (18): 173–185. https://doi.org/10.5252/adansonia2024v46a18 ; http://adansonia.com/46/18

GRASSO, Gianluca and Debruyne, Régis and Adamo, Martino and consortium, The Herbonaute and Perez Pimparé, Eva and Nunan, Naoise and Bianciotto, Valeria and Marmeisse, Roland, Herbaria as Repositories of Past Soil Properties and Historical Soil DNA. Available at SSRN: https://ssrn.com/abstract=5070798 or http://dx.doi.org/10.2139/ssrn.5070798

Yim, C., Bellis, E., DeLeo, V. L., Gamba, D., Muscarella, R., & Lasky, J. R. (2022). Climate biogeography of Arabidopsis thaliana: linking distribution models, individual performance, and life history. bioRxiv. https://doi.org/10.1101/2022.03.06.483202